W roku 1939, wkrótce po wkroczeniu do Polski, Niemcy przystąpili do realizacji swojego planu zwanego „akcją AB” lub inaczej Nadzwyczajną Akcją Pacyfikacyjną. Polegała ona na systematycznej likwidacji najwartościowszych warstw społeczeństwa polskiego; nauczycieli szkół, profesorów uczelni, sportowców, artystów, działaczy społecznych, księży, braci i sióstr zakonnych. Polacy według hitlerowców mieli być tylko niewolniczą siłą roboczą wykorzystywaną przez naród niemiecki. Zamknięto dla Polaków wyższe uczelnie, w szkołach mieli się uczyć tylko czytania, pisania i prostych rachunków.
W Warszawie pierwszych egzekucji dokonano już w październiku 1939 roku. W grudniu 1939 roku pierwsza egzekucja miała miejsce w lesie pod wsią Palmiry 30 km od Warszawy. Przed wojną teren ten był ogrodzony i zajęty pod magazyny uzbrojenia dla wojska. Ukryty przed światem zewnętrznym, w czasie okupacji stał się dla Niemców idealnym miejscem zbrodni.
Mordowano tam wypisywanych i rzekomo zwalnianych więźniów Pawiaka. Przed wywiezieniem oddawano im ich cywilne ubrania, przydzielano nawet dodatkowe racje żywności. Niemcy informowali najbliższą rodzinę o wywózce więźniów na roboty, po czym na polanie pod Palmirami zawiązywali im oczy, często pętali ręce
i rozstrzeliwali, wrzucając ciała do dołów, które stawały się ich zbiorowymi mogiłami.
W ten sposób zginął tam złoty medalista olimpijski z Los Angeles r. 1932 w biegu na 10 km - Janusz Kusociński, Tomasz Stankiewicz - srebrny medalista kolarstwa olimpiady w Paryżu 1924 r., politycy: Mieczysław Niedziałkowski, Maciej Rataj – marszałek sejmu, Tadeusz Fabiani, wiceprezydent Warszawy – Jan Pohorski, ksiądz Zygmunt Sajna, profesorowie Uniwersytetu Warszawskiego: Kazimierz Zakrzewski, Stefan Kopeć i wielu, wielu innych wybitnych przedstawicieli narodu i społeczeństwa polskiego.
20-21 czerwca 1940 hitlerowcy dokonali w Palmirach największej masowej egzekucji, mordując ponad 360 osób. Łącznie od grudnia 1939 roku do sierpnia 1941 roku w Palmirach zginęło prawie 1800 osób w trakcie ponad 20 egzekucji.
Po wojnie, po ekshumacji i identyfikacji, ofiary złożono w indywidualnych grobach. W trakcie prac delegat Międzynarodowego Czerwonego Krzyża dr Emil Bosch, stwierdził, że potworność zbrodni której świadectwo zobaczył, przewyższyła wszystko co dotychczas doświadczył w zakresie niemieckiego barbarzyństwa. Obecnie na terenie przyległym do cmentarza trwają przygotowania do odnowienia pawilonu muzealnego.